Bereits 1794 hatte die Abtei nach den französischen Revolutionskriegen den Verlust ihres linksrheinischen Besitzes zu beklagen, infolge der Säkularisation wurden die Grundherrschaft Heisterbach und das Kloster dann am 12. September 1803 aufgehoben und als Bauernhof an Heinrich Müller aus Niederdollendorf verpachtet. Die Mönche verließen das Kloster 1804.

Wohl auch wegen der abseitigen Lage erfolgte keine Umwandlung zur Pfarrkirche, wie dies an anderen Orten vereinzelt geschah. Verpachtung und der übliche Verkauf auf Abbruch trugen seit 1809 zur weit reichenden Zerstörung der Abtei bei. Der Erhalt der Chorruine wurde erst 1818 gesichert, als der seinerzeitige Oberpräsident der Rheinprovinz ein Verbot weiterer Sprengungen verfügte.
Das Abbruchmaterial wurde neben regionalem Gebrauch auch für die Bauarbeiten am Nordkanal bei Neuss (Grand Canal du Nord) und die Wiedererrichtung der Festung Ehrenbreitstein (Koblenz) verwendet.

Im Jahr 1820 erwarb Graf Wilhelm Ernst von Lippe-Biesterfeld (1777-1840) das ehemalige Klostergelände und veranlasste die Neuinterpretation der Anlage durch die Umgestaltung zu einem englischen Landschaftsgarten mit „Pleasure Ground“ (d.h. einem gebäudenahen Gartenabschnitt englischen Stils) und Teichanlagen. Die zwischen 1826 und 1830 erfolgte Planung und Ausführung oblag dem Gartenarchitekten Maximilian Friedrich Weyhe (1775-1846), der bereits 1814 für Ernst Wilhelms Bruder Carl zur Lippe-Biesterfeld den klevischen Lustgarten in landschaftlichem Stil umgeformt hatte. Durch die Einbeziehung der Überreste der Kirche in den im Sinne seines Eigentümers öffentlichen Landschaftspark wurde die Chorruine schon bald zu einer der bedeutendsten Ikonen der Rheinromantik.

(Franz-Josef Knöchel, LVR-Redaktion KuLaDig, 2009)