Zwischen der Hohen Ostfront und der Großen Traverse befindet sich die Apsis der Festungskirche. Eine Apsis ist ein typischer Bestandteil einer antiken Basilika und Kirchen. Sie treten in der Regel aus der Wandfläche hervor. Ihre, in eine Bogennische eingestellten, Bogenfenster erinnern an die römische Basilika in Trier. Diese großen Fenster waren mit Versatzhölzern zu schließen. Die Seitenschiffe und Emporen, welche die Apsis flankieren, sind als Geschützkasematten ausgebaut und auch die Bogennische links nimmt eine Geschützscharte auf. Dabei deckte die Große Traverse den Oberen Schlosshof samt Festungskirche in Richtung Süden, und die Obere Terrassenbatterie in Richtung Norden, gegen einen möglichen feindlichen Beschuss ab.
Im Jahre 1952 wurde die Festungskirche als katholische Kirche wiederhergestellt. Es kam gleichzeitig zu einer Renovierung und Entfernung der Zwischendecke und der Abmauerung, die als Verbrauchspulvermagazin genutzt wurde. Ihr Mittelschiff greift die Fassadengestaltung des Hofs auf. Arkaden mit massigen Pfeilern öffnen Seitenschiffe und Emporen. Kassetten verzieren die Apsis-Halbkugel und die Jochböden des Kreuzgratgewölbes.
Heute hat die Festungskirche natürlich keinerlei militärische Funktion mehr; es finden dort ökonomische Gottesdienste statt. In schöner Atmosphäre, mit traumhaftem Ausblick auf Rhein, Mosel und das Deutsche Eck, werden in der Festungskirche sogar Ehepaare getraut.
Das Objekt „Festung Ehrenbreitstein“ ist eine eingetragene Denkmalzone (Generaldirektion Kulturelles Erbe Rheinland-Pfalz, Denkmalverzeichnis Koblenz vom 03. Dezember 2013, S. 12)
(Christina Jansen und Dominik Meckel, Universität Koblenz-Landau, 2014)