In diesem Bereich der Stadt war bereits ein Zisterzienserinnenkloster im 13. Jahrhundert gegründet worden. Der Trierer Erzbischof Jakob von Eltz versetzte die Ordensfrauen im Jahr 1580 auf die Insel Niederwerth, da er die Klosterbauten den Jesuiten überließ.
Der junge Jesuitenorden griff auf Elemente älterer Baustile zurück. Somit kommt es in dem Kirchenabau zu einer Vereinigung eines gotischen Rosettenfensters mit einem Renaissance-Portal. Johannes der Täufer gilt als Patron der Kirche. Ein Abbild dessen steht in der Mitte der Portalrahmung. Links von ihm ist der Gründer des Jesuitenordens, Ignatius von Loyola (1491-1556), dargestellt und rechts dessen Gefährte, Franz Xaver (1506-52), der Apostel Indiens und Japans.
Die Kirche wurde 1944 während der Luftangriffe auf Koblenz stark beschädigt. Die Fassade von 1617 mit der prächtigen Fensterrose sowie dem Portal wurde wiederhergestellt. Das Kirchenschiff errichtete man 1958/59 nach Plänen von Dominikus Böhm neu. Das Glasbild zur Schöpfungsgeschichte im Altarraum schuf der Koblenzer Jakob Schwarzkopf 1962. Edith Peres-Lethmate aus Koblenz gestaltete das Dreifaltigkeitsbildnis über dem Altar. Das seit 1587 verehrte Gnadenbild entstand um 1500.
Bei der Jesuitenkirche handelt es sich um einen dreischiffigen Längsbau mit Polygonalchor und ist heute auch unter dem Begriff „Citykirche“ bekannt. Sie ist eine Filialkirche der katholischen Pfarrei St. Kastor in Koblenz.
Die Jesuitenkirche ist ein geschütztes Kulturdenkmal nach dem Denkmalschutzgesetz (DSchG) und in die Denkmalliste des Landes Rheinland-Pfalz eingetragen. Die Jesuitenkirche ist seit 2002 ein Teil des UNESCO-Welterbes Oberes Mittelrheintal.
(Carina Meyer, Universität Koblenz-Landau, 2014)