Nach der Reformation in Jahre 1556 bekam die nun evangelische Kirche den Namen „Wörthkirche“. Sie wurde im Jahre 1689 im Pfälzischen Erbfolgekrieg durch französische Treppen fast ganz zerstört, nur der Chor und die Südwestwand blieben erhalten. Während der Chor an die Katholiken fiel, erhielt die reformierte Gemeinde das durch eine Mauer abgetrennte Langhaus. Erst 1768 begann man mit dem Wiederaufbau der Kirche, welche bei deren Fertigstellung am Peter- und Paultag 1781 „Pauluskirche“ genannt wurde. Bis heute werden die Pauluskirche und die Pauluskapelle durch einen Turm getrennt (Kreisverwaltung Bad Kreuznach 1991, S. 36).
Im Jahre 1840 kaufte die evangelische Gemeinde den Chor zurück und restaurierte ihn.
Aus Kirchenunterlagen geht hervor, dass der bedeutende Theoretikers des Sozialismus und Kommunismus Karl Marx (1818-1883) in der Pauluskirche am 19. Juni 1843 seine Frau Jenny von Westphalen (1814-1881) geheiratet habe. Da die Pauluskirche zu jener Zeit renoviert wurde, fand die Trauung aber wohl vermutlich in der Bad Kreuznacher Wilhelmskirche statt.
Kulturelles Gut in der Kirche sind „gotische Sandsteingrabmäler von Rheingraf Konrad (+1412), Ritter Frank von Löwenstein (+1456) und der Rheingräfin Lukart geb. von Eppenstein (+1452)“ (Kreisverwaltung Bad Kreuznach 1991, S. 36-37).
(Anne Zaschel, Universität Koblenz-Landau, 2014)