1719 wurde eine Kapelle in Bongard erwähnt. 1827 wurde an der heutigen Hauptstraße eine neue Kapelle gebaut. Um 1900 war sie bereits ein desolater Zustand und 1912 beschloss man die Kapelle abzutragen. Der Abriss erfolgte zwischen 1914 und 1916. erbaut. Gleichzeitig mit dem Abriss der alten Kapelle began man 1914 mit dem Bau der heutigen Kirche St. Agatha nach Plänen des Trierer Architekten Julius Wirtz. Am 3. Mai 1914 erfolgte die Grundsteinlegung. Der Rohbau der neuen Kirche entstand in Eigenleistung der Einwohner von Bongard. Am 9. Oktober 1915 wurde sie eingeweiht.
Besonders markant ist der pagodenartige Turmaufbau. Seit 1950 verfügt die Filialkirche über eine Orgel. Ostern 1992 wurden nach umfangreichen Renovierungsarbeiten drei neue Glocken (St. Agatha, Christus und Maria) geweiht. 2004 wurde der Chorraum neu hergerichtet mit Altar und Ambo aus hellem Weidenhahner Trachyt aus der Werkstatt des Niederbreitbacher Bildhauers Hans Rams. Im Sommer 2009 wurde bei Malerarbeiten im Innenraum die originale Wandmalerei von 1918 freigelegt. Daraufhin beschloss der Verwaltungsrat der Bongarder Filialkirche, die Wandbemalung wieder originalgetreu herzustellen.
Die denkmalgeschützte Kirche ist hierdurch aufgewertet und gehört zu den schönsten neuzeitlichen Kirchenbauten der Eifelregion.
Nach der Umstellung der Geschichtsstraße 2020 auf thematische Rundwanderwege gehört die zugehörige Infotafel zum Rundwanderweg „Die alten Römer und kultigen Kelten“ (Geschichtsstraße der Verbandsgemeinde Kelberg, Abschnitt 2, Station 33).
(Peter Burggraaff, Universität Koblenz-Landau, 2013, 2021)