Die heutige Dachform, ein Mansarddach, erhielt das Gebäude erst Mitte des 19. Jahrhunderts. Stadtansichten des 17. Jahrhunderts zeigen noch einen steilen Dachhelm. Das dürfte dem ursprünglichen Aussehen entsprechen. Die noch an den Ecken unter dem Dach befindlichen Konsolen trugen einst achtseitige Türmchen. Rheinseitig vorgelagert war eine Wachtstube der Stadtwache, von der nur noch zwei vorkragende Konsolen erhalten sind. In der stadtseitigen Nische über der Durchfahrt befand sich eine aus der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts stammende Muttergottes mit segnendem Christuskind vom Typ der niederrheinischen Sitzmadonnen. Sie ist nach 1970 verschollen und wurde durch eine Figur aus dem 19. Jahrhundert ersetzt.
Der Zugang zum Rheintor erfolgt durch den Eingang des angrenzenden Zollhauses. Über dem Portal befinden sich die Jahreszahl 1599 sowie das Wappen des Kölner Kurfürsten Ernst von Bayern, was darauf schließen lässt, dass das Gebäude nach den Wirren des Truchsessischen Krieges 1583-1588 durch den Kurfürsten neu errichtet wurde. Die sowohl an der rhein- als auch an der stadtseitigen Fassade angebrachte Jahreszahl 1748 datiert offenbar einen späteren Umbau. In der Zollstube im ersten Stock wurden die Zolleinnahmen in einer Holztruhe gesammelt und Schriftverkehr und Buchführung erledigt. Die Zöllner gelangten durch eine kleine Pforte in der Stadtmauer direkt zur Anlegestelle am Rheinufer. Während der häufigen Überschwemmungen, von denen Hochwassermarken aus mehreren Jahrhunderten am Rheintor zeugen, sicherte ein bedachter Wehrgang auf der Stadtmauer die Verbindung vom Zollhaus zur Burg. Der äußerst einträgliche Rheinzoll wurde in Linz von 1365 bis 1803 erhoben.
Im Erdgeschoss des Zollhauses (heute Toilettenanlage) befand sich bis in die 1960er Jahre die „Freibank“, wo minderwertiges Fleisch verkauft wurde. Rheintor und Zollhaus dienten außerdem als Ateliers der Künstler Bernhard Hofer (bis 2005) bzw. Klaus Krumscheid (bis 2016). 2020/21 wurde das Rheintor maßgeblich mithilfe von Fördergeldern des Städtebauförderprogramms ISEK und Landesmitteln grundsaniert.
(Andrea Rönz, Stadtarchiv Linz am Rhein, 2025)