Die Kirche wurde im Jahre 1555 errichtet und 1904 an der Ostwand um Querschiff sowie Chor erweitert.

Das Kirchwesen in Herrenstrunden ist eng mit der Geschichte der Komturei verknüpft. Die Johanniter in Herkenrath erwarben im 13. Jahrhundert umfangreichen Grundbesitz im Bereich Herrenstrunden und verlegten daraufhin ihren Sitz vom benachbarten Herkenrath in das Tal der Strunde. Eine erste Bruchsteinkapelle wurde 1345 errichtet. Nach der Zerstörung durch einen Brand wurde die neue Kapelle 1555/1556 gebaut. Das Gebäude ist ein einfacher Saalbau von 15,50 Metern Länge und 7 Metern Breite. Zwei Schießscharten an der Südseite des Gebäudes belegen, dass das Gotteshaus zeitweise als Wehrkirche genutzt wurde. Das äußerlich glatt und schlicht wirkende Mauerwerk wird um ein Ziegeldach mit einem Dachreiter sowie Glocke ergänzt. Die Kapelle steht auf einer Erhöhung, unter dem Gebäude befindet sich ein Keller, die ehemalige Gruft. Diese umfasst vier gratige Kreuzgewölbe, die von einem schweren Mittelpfeiler getragen werden. 1754 wird der alte Kapellenturm abgetragen und durch einen neuen ersetzt, dem ein großes Kreuz aufgesetzt wurde.

1806 wurde der Johanniterorden in Herrenstrunden aufgehoben. Die Güter fielen an den Staat, welcher sie nach und nach verkaufte. Nach Aufhebung und Beschlagnahmung der Kommende wurde die Gottesdienstfeier in Herrenstrunden aufrechterhalten. Am 10. Oktober 1809 wurde verfügt, dass fortan die Gottesdienste in dem benachbarten Dürscheid stattfinden sollen.

Die Kapelle blieb zunächst im staatlichen Besitz, nach der Säkularisation diente sie zeitweise als Lager und Vorratsspeicher und drohte zu verfallen. Die Domänenverwaltung dachte infolge dieser Entwicklung darüber nach, die Kapelle mithilfe von Abbruchmaterial des Kommendegebäudes in Wohnungen umzubauen. Gegen diese Pläne gab es allerdings Eingaben, die dazu führten, dass per Order des preußischen Königs Friedrich Wilhelm III die Kapelle erhalten blieb. Sie wurde schließlich am 17.04.1824 der Pfarrei Herkenrath zu gottesdienstlichen Zwecken geschenkt, während die Gruft von der Übergabe ausgeschlossen wurde.
1866 wurde ein eigenständiges Rektorat Herrenstrunden eingerichtet – ohne das ein bestimmter Seelsorgebezirk von den benachbarten Pfarreien abgegrenzt wurde. 1901 musste die Kapelle umfangreich saniert werden, da das rund 350 Jahre alte Dach Schäden aufwies. Das Dach wurde mit Moselschiefer eingedeckt, das Türmchen erneuert sowie ein Dachhäuschen eingebaut.

Im ausgehenden 19. Jahrhundert war die Kapelle in Herrenstrunden für die Gottesdienstbesucher zu klein, so dass eine Erweiterung erforderlich wurde. Zahlreiche Initiativen engagierten sich für die erforderliche Finanzierung der Kapellenerweiterung. Der Eigentümer der Grundstücke hinter der Kirche, die Firma J.W. Zanders, schenkte der Kirchengemeinde das passende Grundstück. Am 26. Februar 1904 wurde die Baugenehmigung für den Anbau erteilt. Mit der Planung des Neubaus war der Kölner Architekt Adolph Nöcker beauftragt, die örtliche Bauleitung übernahm der Bergisch Gladbacher Architekt Ludwig Bopp. Der Kirche wurden ein fünfseitiger Chor sowie ein Querschiff an der Ostwand hinzugefügt. Der Altbau des Sakralbaus war mit Bruchsteinen ausgeführt, während der „Neubau“ mit Backsteinen errichtet wurde. Nach der Erweiterung der Kirche, seitdem nicht mehr als Kapelle bezeichnet, wurde allen Bewohnern des „Seelsorgerischen Rektorates Herrenstrunden“ per Erlass des Generalvikars vom 24. Dezember 1904 dauerhaft gestattet, in Herrenstrunden die „österliche Kommunion“ empfangen zu dürfen. Am 12. Dezember 1911 erhielt die Gemeinde in Herrenstrunden den Status einer selbständigen Kapellengemeinde, welche 672 katholische Einwohner umfasste.
Am 27. Juni 1918 wurde vom Kölner Erzbischof die Errichtung einer eigenständigen Pfarre Herrenstrunden ausgesprochen. Das Sakralgebäude wird als Katholische Pfarrkirche des Pfarrverbandes „Lerbach-Strunde“ genutzt. Die beiden Bauteile der Pfarrkirche von 1555 und 1904 sind deutlich ersichtlich. Hans-Ludwig Arnold berichtet in seiner Broschüre „Katholische Pfarrkirche Herrenstrunden St. Johannes der Täufer 1555-2005“, dass Elemente der Ausstattung von 1555 noch erhalten sind. Dazu gehört eine restaurierte, gläserne Rundscheibe, welche sich heute in einem südlichen Seitenfenster befindet, sowie die „Malteserglocke“ aus dem Jahre 1555.
Die Pfarrkirche steht mit dem Pfarrhaus und dem Friedhof in Herrenstrunden in einem direkten Zusammenhang. Ein weiterer Zusammenhang besteht zwischen Kirche, Malteserkomturei und Maltesermühle als Ensemble „Malteserkomturei Herrenstrunden“.

(Andreas Kaul, Kulturlandschaftliche Inventarisierung „oberes Strundetal“/ Herrenstrunden, 2007)