Im Jahre 1858 bekam die Stadt Andernach einen Bahnanschluss. Der Bahnhof lag an der Strecke Oberwinter nach Weißenthurm. Die Konzession hatte in dieser Zeit die Rheinische Eisenbahn-Gesellschaft. Am 11. November 1858 fuhr der erste Zug über die Strecke links des Rheins. Im folgenden Jahr wurde die Strecke bis Bingerbrück weiter ausgebaut.

Im April 1878 wurde die Bahnstrecke Andernach-Niedermendig für den Güterverkehr und im Mai 1878 für den Personenverkehr freigegeben. Bauherr und Investor war die Rheinische Eisenbahn-Gesellschaft. 1911 wurde ein neues Bahnhofsgebäude erbaut. Zuvor errichtete man eine Bahnunterführung, indem man die Gleise erhöhte. Am 1. Januar 1945 wurde der Bahnhof bei Luftangriffe komplett zerstört. Lediglich die zum Bahnhofsgebäude gehörenden Gaststätten und Wohnräume blieben erhalten. Im Jahre 1956 wurde eine neue Bahnhofshalle gebaut. Diese verdeckte fortan den dahinterliegenden Altbau. In Andernach hielten alle Personen-/Nahverkehrszüge und Eilzüge sowie einige D-Züge, während die meisten höherwertigen Reisezüge ohne Halt durchfuhren.

Von 2010 bis 2011 wurde der Bahnhof von Andernach modernisiert. Alle Bahnsteige können seitdem ohne Treppen erreicht werden. Diese Barrierefreiheit erreichte man durch den Bau zweier Aufzüge. Des Weiteren wurden Bodenplatten mit bestimmten Profilen verlegt, welche blinden Menschen die Nutzung der Bahn vereinfachen soll. Die Baukosten betrugen eine Millionen Euro.
Geplant ist, den Mittelbahnsteig zu erhöhen, damit das Einsteigen in die Züge einfacher wird.

(Simon Künzel, Universität Koblenz-Landau, 2014)