1553 wurde das Gewässer noch als Untereflinger See bezeichnet. Der heutige Name geht auf die sogenannten Aalkisten zurück, die für die lebendige Aufbewarung der Aale genutzt wurden.
Der See diente der Fischzucht der Mönche, die seit dem Spätmittelalter eine lukrative Einnahmequelle des Klosters war.
Der Aalkistensee wird von der Salsach gespeist. Da bis ins 19. Jahrhundert der Garten-, der Billensbacher See, der Abt-Gerung-See und der Elfinger See ebenfalls von der Salzach gespeist wurden, reicht das Salzachwasser nicht aus. Deswegen wurde ein ausgedehntes und feinmaschiges Grabennetz für die Speisung des Sees angelegt.
An der Nordwestecke des Sees lag die Aalkistenmühle in der Öllbronner Gemarkung, die für ihren Antrieb den Wasserüberlauf des Sees nutzte. Das Wasser wurde mittels einen Einlass in den Damm über einen Mühlgraben zur Mühle geleitet.
Die Fischzucht wurde 1967 wegen sehr starke Verschmutzung des Seewassers durch das ungeklärte Abwasser der Stadt Maulbronn eingestellt. Das Abwasser Maulbronns wurde bis 1953 ungereinigt und bis 1978lediglich nach mechanischer Reinigung in die Salzach eingeleitet. Sedimente im See sind Spuren von giftigen Schwermetallen gefunden worden, dievom Abwasser der Galvanik-Industrie in Maulbronn stammten. 1997 wurde der Seedamm saniert, da er als zu niedrig und zu steil eingestuft wurde. Bei den Sanierungsarbeiten wurden leider kulturhistorisch wertvolle Bauwerke und alte Bäume entfernt.
Der Aalkistensee steht seit 1979 unter Naturschutz. Ein Problem ist allerdings die allmähliche Verlandung des Sees. Es ist aufwendig und teuer dies zu beheben. 1997 wurde der Damm saniert. Hierbei sind Altbäume und kulturhistorisch wertvolle Bauten entfernt worden.
(Peter Burggraaff, Rheinischer Verein für Denkmalpflege und Landschaftsschutz e.V., 2020)