Die ehemalige Kölner Pfarrkirche Sankt Jakob entstand in der zweiten Hälfte des 11. Jahrhunderts im Zusammenhang mit der Gründung des Kollegiatstiftes Sankt Georg am Waidmarkt durch Erzbischof Anno II. von Köln. Sie bildete zusammen mit Sankt Georg eine Doppelkirchenanlage, wie sie für das mittelalterliche Köln charakteristisch war und heute noch an den beiden Kirchen Sankt Cäcilien und Sankt Peter (Jesuitenkirche) betrachtet werden kann. Die südliche Vorstadt, das sogenannte Oversburg, erhielt durch die beiden Kirchen ein geistiges Zentrum, in dem Sankt Jakob die Funktion der Pfarrkirche zukam. Die Gründung der Doppelkirchenanlage erfolgte um 1060, ihre Weihe hat etwa zehn Jahre später, um 1070/71 stattgefunden.

Eine Federzeichnung aus dem Skizzenbuch von Justus Finkenbaum (um 1670) sowie eine Lithographie von Anton Wünsch nach Johann-Peter Weyer (1827) zeigen die Lage beider Kirchen am Waidmarkt. Gleichwohl ist dort nicht mehr die romanische, unter Erzbischof Anno erbaute Jakobuskirche dargestellt, sondern das Ergebnis einer Neugestaltung, die wohl unter Einbeziehung älterer Bauteile in den dreißiger und vierziger Jahren des 16. Jahrhunderts vorgenommen wurde. Dabei erfuhr die hochmittelalterliche Kirche den Umbau zu einer fünfschiffigen Halle mit einem von den seitlichen Schiffen eingefassten Westturm.
Mit der Aufhebung des Kollegiatstiftes Sankt Georg wurde die bisherige Stiftskirche zur Pfarrkirche, während St. Jakob seine kirchliche Nutzung verlor und als Magazin diente. 1825 erfolgte die Niederlegung, um Platz für die Anlegung der Georgstraße zu schaffen. Die Pfarrei führt seither den Namen St. Georg und St. Jakobus. An den Apostel erinnert ein Glasfenster von Jan Thorn Prikker im Westbau von Sankt Georg. Bei der heutige Eingangshalle von Sankt Georg handelt es sich um den Gang, der beide Kirchen miteinander verbunden hat; er gehörte baulich zu beiden Kirchen..

Sankt Jakob besaß eine Reliquie des Apostels, zu deren Aufbewahrung am Anfang des 17. Jahrhunderts ein silbernes Ostensorium (Schaubehältnis) in Kreuzform angefertigt wurde. Heute befindet sich dieses Reliquiar im Kirchenschatz von Sankt Georg. Auch das Altargerät wurde von Sankt Georg übernommen und zum größten Teil dort verwahrt.
Ein 1556/57 von dem Kölner Ratsherrn und Chronisten Hermann Weinsberg (1518-1597) bei Bartholomäus Bruyn dem Jüngeren (~1523/25-~1607/10) in Auftrag gegebener Flügelaltar mit einer Kreuzungsszene, der in der Turmhalle Aufstellung fand, kann heute im Kölnischen Stadtmuseum betrachtet werden.

(Christoph Kühn, im Auftrag des LVR-Fachbereichs Umwelt, 2012)